本劇設定在2000年9月13日，南極大陸上發生大爆炸，造成南極的冰川融化、地軸扭曲，隨之而來的海平面上升、全球氣候異常，加上後來引發的戰爭等因素，導致世界人口減半。隨著接連不斷的大規模戰爭結束，各國軍隊編入「國聯」軍隊。此次侵襲人類的大災難被稱為第二次衝擊，「國聯」發表的大災難原因是「大質量的隕石撞擊南極」。實際上卻是為了在其他使徒覺醒之前將第一使徒亞當還原成卵的結果，而秘密組織SEELE憑藉其巨大影響力隱瞞了事實真相。SEELE經由《死海文書》獲悉了相關信息，事先採取了一系列措施。使徒擁有強大的A.T.力場（絕對領域），一般的武器無法消滅它，為阻止使徒毀滅人類而設立Gehirn開發泛用人型決戰兵器--人造人Evangelion（簡稱：EVA），並且建立起要塞都市--第3新東京市，也是Gehirn總部所在地。Gehirn之後改組為NERV，全力推行人類補完計劃

碇真嗣是福音戰士系列的主角也是EVA初號機的指定駕駛員。在孩提時目睹了母親的死亡之後，真嗣被他的父親碇源堂拋棄。真嗣的感情脆弱，處處表現出害怕被拒絕。整個劇中他都重複：「絕對不能逃！」，但卻在應對創傷性事件時習慣性地退縮。庵野形容真嗣為，一個「逃避與人接觸」，並「說服自己，是一個完全沒有必要的人」的男孩。惣流·明日香·蘭格雷和綾波零是劇中的兩位女主角，她們都帶有各自的缺點，與他人存在溝通缺陷。明日香是EVA二號機的駕駛員，擁有火爆脾氣與過剩的自尊和自信心。明日香在還是個孩子時，發現了她母親上吊後不久的遺體，導致她始終壓抑自己的情緒，並發誓永不哭泣。性格孤僻、神秘的綾波零是EVA零號機的駕駛員，是真嗣的母親碇唯的一個複製人。她被自己作為可替代性消耗品的現實這一消極的自我價值認識所困擾。葛城美里擔任真嗣和明日香的監護人和指揮官。她在NERV執勤時的職業風範，與在家裡時無憂無慮和不負責任的行為有著鮮明地對比。角色設計師貞本義行設想她作為一個大齡的「鄰家女孩」同時也是一個未能認真對待生活的雜亂的失敗者。美里有戀父情結，並在對她父親的愛與恨衝突中不斷受折磨，這表現在她決定在NERV工作的動力以及企圖「在加持的懷抱中『尋求』她父親感覺」。庵野描述真嗣與美里是「害怕被傷害」與「不合適--缺乏積極的態度--對於人們所說的冒險英雄。」